表观遗传学研究正以惊人的速度向前发展，而ChIP-seq和CUT&Tag作为当前最主流的两种染色质免疫技术，已成为科研人员探索染色质状态、转录因子结合、组蛋白修饰的重要工具。然而，很多研究者常常陷入困惑：面对这两种技术，我究竟应该选择哪一个？本文将从技术原理、实验流程、优势与局限等多个角度全面对比CUT&Tag和ChIP-seq，帮助你轻松做出最适合自己研究目标的选择。

一、技术原理对比

1、ChIP-seq机制

ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）通过甲醛交联固定蛋白与染色质，再用超声波将染色质打断成片段，利用特异性抗体捕获目标蛋白-DNA复合物，最后进行测序分析。

2、CUT&Tag机制

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）则直接使用特异性抗体定位目标蛋白，通过偶联的Tn5转座酶直接在目标位点附近切割并标记染色质DNA片段，避免了复杂的免疫沉淀步骤。

二、实验流程对比

CUT&Tag更适合快速获得数据的场景，尤其适合样本有限的研究。

ChIP-seq更适合已成熟建立且样本充足的实验平台，尤其是针对难以结合或特异性较低的抗体。

三、灵敏度与背景噪音对比

CUT&Tag的高灵敏度、低背景噪音、精细的分辨率更适合研究精细的染色质动态过程（例如单细胞水平）。

ChIP-seq由于免疫沉淀步骤易产生背景干扰，更适合于大规模、稳定表达蛋白的研究。

四、适用靶点与适用性对比

CUT&Tag适合组蛋白修饰和高特异性抗体检测的转录因子。

ChIP-seq更适合探测多种复杂转录因子或低亲和力靶标，特别是在足够细胞数量时。

五、成本与技术门槛对比

CUT&Tag的成本低廉，且适合实验室初次尝试表观遗传学分析。

ChIP-seq更适合具备成熟技术平台和资金条件的实验室，尤其在大量高通量需求下更经济。

在选择了更适合自己的技术后，关键就是要保证实验质量和成功率。百泰派克生物科技深耕生命科学研究领域，拥有稳定高效的蛋白A/G-Tn5融合酶及优化的一站式CUT&Tag实验方案，确保每一次实验高效精准，帮助科研人员轻松完成从实验设计到数据分析的全流程。无论是新手还是进阶用户，百泰派克生物科技都能为您提供可靠的实验方案、技术支持和全面服务，帮助您快速掌握CUT&Tag技术，轻松实现表观遗传研究目标。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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