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转录组（de novo）测序是一种预测miRNA靶向基因的可靠方法，尤其是对没有参考基因组的生物。
在这项研究中，中国水产科学研究院戈贤平研究员团队将武昌鱼（Megalobrama amblycephala）暴露于氨水（0.1或20mg/L）中之后，取鱼鳃制备两个cDNA文库并利用Illumina HiSeq2000进行测序。结果生成超过9,000万 reads,并经从头组装得到46,615个Unigenes。接着，通过比较不同的蛋白质数据库将其详细地注释，随后进行生物化学通路预测。2,666个Unigenes表达具有显著性差异。1,961个上调，975个Unigenes下调。其中，联合小RNA测序和miRNA靶基因预测，有250个Unigenes被鉴定为10个保守miRNA和4个新miRNA家族的靶基因。研究人员通过实时定量PCR检测ssa-miRNA-21和其靶基因的表达，发现检测结果与测序数据一致。
本研究表明通过分析转录组鉴定miRNA的靶基因是可行的。转录组数据的组装意味着可用的武昌鱼基因组资源的大幅增加，并有利于基因表达谱分析和miRNA功能注释。
本研究中的转录组denovo测序分析和小RNA测序分析均由联川生物协助完成
课题组在文中致谢联川技术人员在测序和数据分析中提供的支持。
参考文献
Shengming Sun,et al. De novo assembly of the blunt snout bream (Megalobrama amblycephala) gill transcriptome to identify ammonia exposureassociated microRNAs and their targets. Results in Immunology, doi.org/10.1016/j.rinim.2016.03.001
