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联川科技合作用户——美国克瑞顿大学医学院Chen Xianming组对同一个lncRNA从两个角度探讨了其调控基因转录的机制，研究成果分别发表在近期的FASEB J和Journal of Immunology上。
我们一起来看看，作者是如何选择焦点lncRNA，又是从哪两个角度进行lncRNA调控基因转录的探讨，又都发现了哪些新现象。
1. LincRNA-Cox2 modulates TNF-a–inducedtranscription of Il12b gene in intestinal epithelial cells through regulationof Mi-2/NuRD mediated epigenetic histone modifications.
（LincRNA-Cox2通过调控Mi-2/NuRD介导的组蛋白表观遗传修饰调节TNF-α诱导的肠上皮细胞Il12b基因转录）
基因间长链非编码RNA（lincRNAs）属于长链非编码转录本（>200 nt），位于蛋白质注释编码基因的间隔区。lincRNAs可调节炎症基因的转录，因此可能是炎性疾病中具有潜在致病性的新炎性介质。
本研究中，全基因组水平的转录组数据显示，在培养的小鼠肠上皮细胞中，TNF-α的刺激引起171个lincRNAs上调和196个lincRNAs下调。lincRNA-Cox2是上调的lincRNAs之一，是受TNF-α诱导的一种早期响应的lincRNA。
敲减lincRNA-Cox2会导致肠上皮细胞在应对TNF-α刺激时，出现基因表达谱重排。具体来说，lincRNA-Cox2的沉默会显著增强Il12B基因的转录，这个基因是TNF-α诱导的次级晚期应答基因。从机制上说，lincRNA-Cox2促进重构的Mi-2型/核小体和脱乙酰基酶（Mi-2/NuRD）阻遏复合物在Il12B启动子区的聚集。在Il12B启动子区聚集的Mi-2/NURD复合物会伴随着H3K27乙酰化的降低和H3K27二甲基化的增加，这可能有助于lincRNA-Cox2介导Il12B的反式抑制。
图1 lincRNA-Cox2调控肠上皮细胞Il12B基因转录的模型
本研究提出了一种lincRNA-Cox2表观调控Il12B转录的新机制，支持lincRNA在调控肠上皮细胞炎症反应中发挥重要作用。
参考文献
Qiang Tong, et al. LincRNA-Cox2 modulates TNF-a–induced transcription of Il12b gene in intestinal epithelial cells through regulation of Mi-2/NuRD mediated epigenetic histone modifications. FASEB J, 2016,30, 1187–1197 .
2. LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling.
（LincRNA-Cox2 通过调节SWI/SNF介导的染色质重塑促进巨噬细胞晚期炎症基因的转录）
最近的研究表明，lincRNA-Cox2可以介导先天免疫细胞中不同类免疫基因的活化和抑制。
本研究中，研究人员报道lincRNA-Cox2位于1号染色体上PG-内过氧化物合酶2（Ptgs2/ Cox2）基因的近端，是小鼠巨噬细胞中受NF-κB信号控制的早期炎症基因。在功能上，lincRNA-Cox2是在细菌LPS刺激下，受NF-κB调节的晚期炎症反应基因转录所必需的。具体地，lincRNA-Cox2在LPS刺激后，在细胞中被组装进SWI/SNF复合物中。这会导致lincRNA-Cox2/SWI/SNF复合物可以调节NF-κB亚基组装到SWI/SNF复合物中，最终，调节巨噬细胞中SWI/SNF相关的染色质重塑和晚期炎性应答基因的反式激活，以应对微生物的挑战。
图2 LPS刺激下BV2细胞或巨噬细胞中lincRNAs的表达
图3 LincRNA-Cox2调节LPS刺激下巨噬细胞中应答基因的转录
本研究提出，作为NF-κB的共激活剂，NF-κB诱导的lincRNA-Cox2通过调节表观染色质重塑实现了对先天免疫细胞晚期应答基因的转录调控。
参考文献
Guoku Hu, et al. LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling. The Journal of Immunology, 2016.
上述两项研究中的基因表达谱分析（含lincRNA）由联川生物协助完成。
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